Los baptisterios eran los edificios donde se practicaba el bautismo. El bautismo significaba llegar a la fe y era fundamental para poder conseguir el reino de Dios y la vida eterna. En la época paleocristiana, el bautizo solía practicarse solamente los domingos de Pascua y de Pentecostes y, normalmente, lo tenía que administrar un obispo.
La existencia de dos piscinas bautismales bien conservadas y localizadas no suponía que tuvieran un uso simultáneo. Cabía pensar que la piscina grande se empleaba para bautizar adultos, al mismo tiempo que la pequeña, denominada pica o pila, servía para el bautizo de niños. La pila grande era más antigua y la pequeña, mas moderna, y por lo tanto una muestra de la evolución del rito del bautismo que habría priorizado el bautizo de niños pequeños.
Gracias a intervenciones realizadas durante el año 2.008, después de levantar la pica bautismal, se encontró debajo una gran cantidad de fragmentos de escalones de la parte más alta de la piscina grande, la cual se había recortado para poder nivelar el pavimento del nuevo edificio bautismal que funcionaba con la nueva piscina pequeña.
Bien debajo del desagüe practicado en la base de la pica y por debajo de todo un sistema de canalizaciones, se encontró un pequeño recorte en la roca donde había diversos materiales suntuarios que podían estar relacionados con el ritual del bautismo o con el agua bendecida de la pica.
Esta pila de pequeñas dimensiones habría funcionado con un gran edificio de planta cuadrangular, adosado a la fachada poniente de la basílica, de idéntico ancho que esta, es decir, 12,7 metros, mientras el largo sería de 11,7 metros. Por los restos encontrados cabe pensar que es posterior al 500 d.C.
No se ha podido precisar con la misma exactitud la piscina grande, sólo que su construcción es anterior a la pequeña. Se descubrieron dos pequeñas cubetas situadas en ambos costados del brazo occidental de la piscina grande. Los llamados «limpiapies», una influencia oriental que llegaría a través del Norte de Africa.
