En la época paleocristiana, se entendía por basílica aquellas iglesias donde se realizaba el culto cristiano, principalmente la misa, es decir, el rito eucarístico. La basílica de Son Peretó que conocemos se caracteriza principalmente por presentar una aula de planta rectangular de 18 por 12,7 m dividida en tres naves separadas por dos filas de columnas y pilares adosados habrían aguantado unas arquerías. En el este se presenta un ábside exento, semicircular en el interior y cuadrangular en el exterior. En el extremo occidental del ábside mencionado, es decir, mirando al aula, debió tener un gran arco que unía ambos espacios.
Esta iglesia tendría una cubierta de tejas planas sobre las cuales, en las juntas, las habría de curvadas, muy parecidas a las de hoy en día. Esta cubierta se aguantaría con una estructura hecha de bigas de madera, menos la parte del ábside, donde podría haber, quizás, una parte hecha de obra.
La localización de las puertas de entrada y salida de la basílica es conflictiva, ya que los muros este y sur se encuentran muy arrasados. Se han propuesto dos puertas que conectarían la iglesia con el edifico bautismal, pero no se conoce ningún elemento las pueda identificar ni situar con precisión. Tampoco se puede descartar una puerta en la fachada meridional, tal como sucede en otras iglesias de esta época.
La parte de los muros todavía conservados están hechos con piedras, normalmente de medida mediana, muy irregulares, pero claramente retocadas, ligadas únicamente con barro. En cambio, no sabemos si todos los alzados estaban hechos de misma manera, o si eran de tapia. Estos muros se apoyan sobre unas banquetas hechas también de piedras ligadas con barro, que se encuentran dentro de unas zanjas de cimentación realizadas cortando el terreno.
Con una capacidad en torno a las 400 personas, la basílica de Son Peretó es, entre las que se conocen en las Baleares, la que tendría una mayor capacidad, y todo apunta a un uso muy prolongado en el tiempo y que habría conocido diferentes tipos de pavimentos de fases superpuestas.
La religión cristiana necesitaba un altar para efectuar es acto del sacrificio simbólico, la transubstanciación del pan y el vino en el cuerpo y la sangre de Cristo. En Son Peretó, igual que en otras basílicas baleares, parece que el altar se encontraba situado en el ábside, tal como sucedía en la Península Ibérica. Delante del ábiside se encontraba un espacio delimitado por canceles. Tanto este espacio como el ábside solía estar reservado para el clero. La mayor parte del aula, es decir, las naves, era el sitio donde se colocaban el resto de los fieles. La iglesia de Son Peretó presenta también, en sus pies, una construcción que se ha denominado contracoro. Este era un elemento parecido a un podio de planta rectangular.
Dentro de la basílica, se pudo identificar más de una treintena de tumbas, muchas de estas corresponderían a niños pequeños. Todo indica que en este edificio se pudieron practicar enterramientos durante mucho tiempo. Así, se han documentado inhumaciones bajo los mosaicos y tumbas con cubierta musiva, pero también se han documentado sepulturas que rompían los mosaicos y tumbas sobre los mismos.
Este altar consistía en una mesa sostenida por diversas barras que se insertaban en una base rectangular de piedra arenosa, donde se situaba la caja de reliquias.
La pieza del altar de Son Peretó que se conserva es parte de la base. Se pueden observar dos agujeros donde iban dos de las cuatro barras. Esta parte del altar tenía como función contener las reliquias de los santos o mártires dentro de la cavidad cuadrangular. Esta cavidad, debía ir cubierta con tres losas de madera o piedra encajadas en los rebajes que se ven.
Por lo que hace al altar, sólo se conserva una de las piezas del basamento, pero parece coherente pensar se habría formado con una tabla rectangular sostenida por cuatro columnas. En el interior de este basamento, en la parte central, donde se encuentra una gran rebaje cuadrangular, se guardaban las reliquias, uno de los elementos más importantes de toda la iglesia.
